Η μαγνητική τομογραφία (MRI) αποτελεί την πλέον σύγχρονη απεικονιστική μέθοδο με πολλαπλές ενδείξεις ενώ οι ασθενείς με εμφυτεύσιμες καρδιακές συσκευές έχουν 50-75% πιθανότητα να χρειαστούν μαγνητική τομογραφία κατά τη διάρκεια της ζωή τους. Ωστόσο, υπάρχουν ερωτήματα σχετικά αν η έκθεση του βηματοδοτικού ή απινιδωτικού συστήματος σε μαγνητικό πεδίο μπορεί να προκαλέσει βλάβες στην συσκευή και επιπλοκές στον ασθενή. Ο μηχανισμός πρόκλησης  βλάβης έγκειται τόσο στην άμεση δράση του ισχυρού μαγνητικού πεδίου με συνέπεια πιθανή μετακίνηση των καλωδίων και επαναπρογραμματισμό της συσκευής αλλά και έμμεσης δράσης λόγω ανάπτυξης επαγωγικών ρευμάτων στα ηλεκτρόδια και πρόκληση αρρυθμιών. Η αλματώδης πρόοδος της τεχνολογίας έδωσε τη δυνατότητα κατασκευής συσκευών ανθεκτικών σε εξωτερικές ηλεκτρομαγνητικές παρεμβολές. Οι καρδιακές συσκευές διακρίνονται σε  «MRI ασφαλείς (safe)», σε «MRI μη ασφαλείς (unsafe)» και σε «MRI συμβατές υπό όρους (conditional)». Ο όρος MRI conditional αφορά συσκευές που εμφυτεύθηκαν  μετά το 2011 και σημαίνει ότι όλο το σύστημα (γεννήτρια και καλώδια) κάτω από ορισμένες συνθήκες  που αναγράφονται  από τον κατασκευαστή είναι MRI ασφαλές. Σύμφωνα με την εμπειρία της  περίφημης Μayo clinic  στην Αμερική, μαγνητική τομογραφία μπορεί να διενεργηθεί με ασφάλεια σε περισσότερο από το 95% των περιπτώσεων, με την προϋπόθεση ωστόσο ύπαρξης πρωτοκόλλου ελέγχου και ασφάλειας και της συνεργασίας των εμπλεκομένων ιατρικών ειδικοτήτων, όπως του ακτινολόγου, ακτινοφυσικού και καρδιολόγου. Ειδικώτερα,  αφού αποκλεισθεί ο όποιος εναλλακτικός τρόπος απεικόνισης αντί του MRI, πραγματοποιείται ενδελεχής έλεγχος της συσκευής. Αναζητείται αν ο ρυθμός του ασθενή είναι βηματοδοτικά εξαρτώμενος (πχ έχει εγγενή ρυθμός > 30 σφύξεις). Ελέγχεται η λειτουργία της συσκευής, η διάρκεια μπαταρίας, και άλλες παράμετροι (ουδός, ευαισθησία) που σχετίζονται με την ορθή λειτουργία του βηματοδότη ή του απινιδωτή και γίνεται ο κατάλληλος προγραμματισμός της συσκευής.  Παράλληλα, ο ακτινοφυσικός φροντίζει ώστε οι παράμετροι της εξέτασης και η ενέργεια ραδιοσυχνότητας να είναι σε ασφαλή επίπεδα. Κατά τη διάρκεια της εξέτασης, ο ασθενής συνδέεται με ηλεκτροκαρδιογράφο και οξυμετρία και γίνεται τηλεπαρακολούθηση για τυχόν αρρυθμίες και βλάβη της συσκευής. Ο ασθενής έχει τη δυνατότητα  να ειδοποιήσει στην περίπτωση που αισθανθεί δυσφορία ή ζάλη και σε μία τέτοια περίπτωση ανάγκης η εξέταση μπορεί να διακοπεί άμεσα. Μετά το πέρας της εξέτασης, γίνεται επανέλεγχος των  παραμέτρων της συσκευής και επαναφέρονται οι αρχικές ρυθμίσεις. Σε αριθμό περίπου 1000 ατόμων στο πρόγραμμα της Mayo clinic δεν παρατηρήθηκαν σοβαρές επιπλοκές. Συμπερασματικά, ασθενείς με εμφυτεύσιμες συσκευές μπορούν με ασφάλεια να υποβληθούν σε MRI όταν ακολουθείται διεπιστημονικό πρωτόκολλο.